Mes comptables m'ont toujours déconseillé de mettre du patrimoine immobilier dans les comptes de l'exploitations, mais plûtot dans le privé

autant de personnes ,autant de versions

Séparer les biens privés du domaine professionnel est toujours une sécurité.

Les terres restent au nom de l'exploitant OK
Les bâtiments et leurs terrains supports je les mettrais dans l'EARL (ou une sci), car en cas de rénovation, d'agrandissement ce ne sera pas la société qui payera, donc pas de TVA retouchée, pas d'amortissement.

Pour l'histoire des baux à refaire, c est au cas par cas. En aucun cas le propriétaire ne peut exiger de refaire un bail, on est juste tenu de l'avertir par recommandé AR. Après refaire le bail est une sécurité si c est un fouille merde...